2006年，新疆維吾爾自治區(qū)國有資產(chǎn)監(jiān)督管理委員會和中國水務投資有限公司進行戰(zhàn)略合作，對原新疆昌源水利水電產(chǎn)業(yè)集團有限公司實施重組，成立新疆昌源水務集團有限公司，注冊資本金5億元，中國水務持有60％股份，自治區(qū)國資委持有40％股份。
        2010年，新疆昌源水務集團有限公司增資擴股。注冊資本金增至為8億元，其中：中國水務投資有限公司持有51％股份，新疆維吾爾自治區(qū)國有資產(chǎn)監(jiān)督管理委員會持有25％股份，深圳市博納投資合伙企業(yè)(有限合伙)持有14％股份、湖北航天瑞麒投資管理咨詢有限公司持有10％股份【2016年已將其所持有的10%轉讓給了浙商鐵漢（深圳）生態(tài)產(chǎn)業(yè)投資合伙企業(yè)（有限合伙）】。